tRNAdb:全面的 tRNA 序列和二级结构数据库
最编程
2024-03-21 11:29:03
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tRNAdb 收录了来自577个物种的12000个tRNA基因和来自104个物种的623条tRNA序列,除了基本的序列信息外,还提供了二级结构的数据。
官网链接如下
http://trna.bioinf.uni-leipzig.de/DataOutput/
官网提供了两种检索数据的方式,第一种是物种的进化树浏览器,第二种是条件检索框。
1. 进化树浏览器
tRNAdb提供了进化树的浏览方式,点击+
展开次级分类,从而查找某个具体的物种。
2. 条件检索框
提供了多种条件检索方式,可以按照基因/序列进行筛选,也可以按照转运的氨基酸类型,甚至是按照二级结构检索,示意图如下
检索结果示意图如下
检索结果中给出了物种和转运的氨基酸类型等基本信息,其中序列信息以二级结构不同区域进行了划分。tRNA的二级结构是一个三叶草的形状, 示意图如下
在tRNAdb中,将二级结构划分成了以下几个区域
- Acc-stem 氨基酸接受茎
- D-stem D茎
- D-loop D环
- Ac-stem 反密码茎
- Ac-loop 反密码环
- V-region 可变臂
- T-stem T茎
- T-loop T环
- CCA 默端用于连接氨基酸的CCA
点击眼睛图标可以查看某个tRNA二级结构,示意图如下
在检索结果页面底部,可以下载选中的tRNA序列
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