AMBER 生物分子动力学模拟工作站配置建议

       Amber是专门针对生物分子系统模拟而开发的分子动力学应用程序，AMBER 支持 GPU 加速，可运行显式溶剂 PME 和隐式溶剂 GB 模拟。AMBER 在NVIDIA GPU 上的运行速度比仅使用 CPU 的系统快 15 倍，从而使用户运行生物分子模拟的时间从几天缩短到几小时。

（一）Amber分子动力学模拟软件计算特点

Amber分子动力学模拟软件由AmberTools19和Amber18组成，其中：

AmberTools 19（开源的）是由几个独立开发的软件包组成，这些软件包可以单独使用，也可以与Amber18一起使用。该套件还可以用于使用显式水模型或广义Born溶剂模型进行完整的分子动力学模拟，包含：

• Sander：用于分子动力学模拟的主力程序，包括组合的量子力学/分子力学（QM / MM）功能，不支持GPU加速

• tleap and parmed：用于Amber模拟的基本准备工具

• NAB / sff：一种语言环境，用于编写专门处理分子结构的程序。基于分子力场计算和距离几何的建模

• antechamber和MCPB：创建用于一般有机分子和金属中心的力场的程序

• sqm：半经验和DFTB量子化学程序

• pbsa：执行Poisson-Boltzmann模型的数值解(支持GPU 加速)

• 3D-RISM：求解积分方程模型以进行溶剂化

• mdgx：一个主要通过参数拟合来突破Amber MD界限的程序。还包括可自定义的虚拟站点和显式的溶剂MD功能。

• cpptraj和pytraj：分析轨迹结构和动力学的工具

• MMPBSA.py和Amberlite：基于能量的MD轨迹分析

       Amber18（商业版）软件包通过添加PMEMD程序在AmberTools18上构建，支持GPU加速，该程序类似于AmberTools中的sander（分子动力学）代码，但在多个CPU上提供了更好的性能，并在GPU上显着提高了速度。

关于GPU计算卡

支持显卡型号

游戏卡类：Titan RTX、RTX 2080Ti、RTX2080S、RTX2070S、RTX2060S

专业卡类：Titan V、Tesla V100、Quadro GV100

GPU卡求解规模：

Amber GPU加速测试：

（二）Amber分子动力模拟计算硬件配置推荐