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lammps 教程:添加真空层、更改方框大小、change_box 三个使用细节

最编程 2024-04-14 11:19:35
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大家好,我是小马老师。

本文继续介绍lammps基本操作命令。

在lammps模拟中,所有的原子处在一个封闭的空间内,这个空间称为盒子(box)。

创建box有两种方法,一是在lammps中使用create_box命令创建,另外一种是读取data文件,此时,会默认创建一个box。

有些时候,在box已经建好的情况下,可能会需要改变box的尺寸。

如在摩擦模拟中,工件模型已经单独建模并弛豫完成,需要在工件的上方添加一个刀具。

在沉积模拟中,需要在工件上方增加一个真空层。

这些情况,可以使用change_box命令动态的改变box的尺寸。

change_box改变box尺寸有三种方式:绝对尺寸、增量尺寸、比例尺寸,下面详细介绍这三种方式。

lammps教程:增加真空层、改变box尺寸,change_box三种用法详解_缩放

(1)绝对尺寸

change_box可一步到位,直接设定box在xyz各方向上的新尺寸。

命令格式为:



change_box all x|y|z final lo hi

例如,将x方向box尺寸改为(0,100):



change_box all x final 0 100 units box

lammps教程:增加真空层、改变box尺寸,change_box三种用法详解_缩放

(2)增量尺寸

有些时候,我们只想改变box某一侧的尺寸,这时候可设置在某个方向上增大(或减小)一定的尺寸。

命令格式为:



change_box all x|y|z delta dlo dhi

delta表示增量,dlo表示在该轴负方向的尺寸增量,dhi表示该轴正方向尺寸增量。

例如,在z轴正方向增加50埃米:



change_box all z delta 0 50 units box

lammps教程:增加真空层、改变box尺寸,change_box三种用法详解_缩放

(3)比例尺寸

box的尺寸也可以按照一定的比例进行缩放。



change_box all x|y|z scale factor [volume]

scale为缩放关键字,factor为缩放比例,volume表示体积是否变化。

下句命令表示:x方向扩大为原尺寸的1.1倍,z方向尺寸相应的缩小以保证体积不变



change_box all x scale 1.1 z volume

x方向扩大为1.1倍,y和z方向相应的缩小,保证体积不变:



change_box all x scale 1.1 y volume z volume

x和y方向均多大为1.1倍,z方向缩小,保证体积不变



change_box all x scale 1.1 z volume y scale 1.1 z volume

lammps教程:增加真空层、改变box尺寸,change_box三种用法详解_缩放

下面是change_box的一个案例in文件,初始模型尺寸为30*10*10(晶格单位),在z方向增加真空层,box尺寸扩大为:30*10*20。



units   metal
boundary p p p
atom_style atomic
lattice fcc 3.61
region box block 0 30 0 10 0 10
create_box 1 box
create_atoms 1 box
mass 1 64
write_data cu1.data
change_box all z delta 0 5
write_data cu2.data

增加真空层后的效果为:

lammps教程:增加真空层、改变box尺寸,change_box三种用法详解_缩放_05

change_box是一个比较实用的命令,除了能够改变box的尺寸,也可以改变box的周期性,具体可查官网手册说明。

公众号定期分享lammps命令和模拟技巧,感谢分享和关注^_^。

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