已知 GO ID，获取其术语和本体

问题描述：
使用Blast2GO得到的.annot文件只有GO id号，即GO:2001317，没有其描述（term）和所属分类（ontology），根据网上的方法使用GO.db包发现有好多id找不到其对应信息，或许是因为我研究的物种是非模式生物？为了解决这一问题，我在http://geneontology.org/网站上挑了几个在GO.db包中找不到描述的id号进行搜索，发现都能找到，因此可以从这个网站入手解决问题。
问题解决：

1. 在http://geneontology.org/docs/download-ontology/下载go.obo文件
   用Notepad++打开如下所示：
   
   

   go.obo.png
   
   2.使用python脚本go.obo.py解析go.obo文件并保存为csv文件（运行python go.obo.py即可，提前安装好tqdm和pandas）

from tqdm import tqdm
import pandas as pd

data = []
with open('go.obo', 'r') as file:
    for line in tqdm(file):
        if line.startswith('[Term]'):
            next_line_1 = next(file).strip()
            next_line_2 = next(file).strip()
            next_line_3 = next(file).strip()

            id_string = next_line_1.split('id: ')[1]
            name_string = next_line_2.split('name: ')[1]
            namespace_string = next_line_3.split('namespace: ')[1]

            data.append({'id': id_string, 'name': name_string, 'namespace': namespace_string})

df = pd.DataFrame(data)
df.columns = ['GO','TERM','ONTOLOGY']
df.to_csv("GO_database.csv", index=False)

注意：我只提取了go id，term和ontology信息，如果需要其他可自行添加，部分结果如下图所示：

GO_database.csv.png

3. 根据自己的GO id list用R tidyverse包的left_join函数就可以提取想要的GO id及其term和ontology信息了，方便后续进行GO富集分析等。

Info=left_join(id,GO_database,by="GO")

GO id list.png

GO info.png