Dendroscope | 生物识别分析常用图形用户界面软件的介绍和安装
最编程
2024-04-15 16:59:56
...
有时候,我们会拿到一棵「很大很大的」树,比如可能有几千个节点。或者说,几千个蛋白序列推断出来的进化树。对于这类巨大树,可视化比较麻烦,探索上也麻烦。
那么可以使用Dendroscope
这款软件,其会基于文本多少自动显示可以显示的数目。
Dendroscope 的安装与配置
Dendroscope有不同平台的安装器,相关文件已上传过到公共仓库,请自行下载。
进入
Dendroscope
文件夹选择合适的安装器即可
双击安装器即可开始安装(实际上这款软件也是 Java 写的)
推荐一切按照默认参数安装
至于内存大小设置,设置大一点,没问题
运行时内存是自动分配的,所以这个其实是一个最高可占用内存。
安装完成即可打开
Dendroscpe 的使用
使用 Dendroscope 跟使用 Figtree 类似,不过 Dendroscpe 功能更为丰富。我甚至认为其在进化树操作上,是目前最全面的。
直接从 File 菜单导入进化树文件
显示出来的进化树,可以看到,似乎是不全。但这只是方便可视化。
我们直接滚轮放大即可
其余操作确实是多,甚至包括提取子树等等。不做赘述。感兴趣的朋友可以自行摸索。
写在最后
Dendroscope 其实是一个非常强大的软件,他的强大在于基因。如果有留意软件官网,那么就会发现,另外几款强大生信软件都来自于这个研究组,比如 diamond。
至于共享软件仓库,请参考
https://tbtools.cowtransfer.com/s/97e50e9f762d44
推荐阅读
-
断章取义:以史为鉴并非你想象的那样
-
[PyTorch 与深度学习] 4、PyTorch 的数据集和数据加载器详细使用教程
-
Java 基本数据类型和引用类型 - Java Stuff
-
Mobile Telecom 推出另一系列高性能卫星、5G、GNSS 和三合一组合天线
-
向过去学习HttpApplication、HttpModule、HttpContext 和 Asp.
-
预习 Java 基础知识 - 以通俗易懂的文字不断更新!
-
SpringBoot 事件监听机制源代码分析(上) SpringBoot 源代码(九)
-
以史为鉴:排序算法的新见解
-
计算机图形实验室 - 使用 OpenGL 函数绘制五角星图
-
前车之鉴、春季交易的失败情景和新发现