生物周期和生物节律的 cosinor 分析 - 网络版 (3)

前面介绍了好几个R包，有做振荡检测的Metacycle包，对周期限制的比较松，也有做cosinor分析的，限定周期为24小时。
下面解释几个网页版的工具
1.BIO_CYCLE PORTAL
2.cosinor.online
3.Cosinor_Analysis_of_Rhythms

1.BIO_CYCLE

输入文件必须是一个制表符分隔的文件（* .tsv），第一列为Gene ID，后跟每个时间点的测量值，允许重复。下面的链接中提供了示例文件格式。BIO_CYCLE可以处理可变数量的重复，不均匀的时间点和缺失的重复（只要每一行每个时间点至少有一个值）。

提交结果文件直接Run就好，完成后下载，下载的结果文件有三个，直接看24小时那个就好

结果依次为基因名，p值，校正q值，周期，相位，振幅

它还提供了AVG_REPS_PERIODICITY，这是对重复的平均周期的度量。该值来自于深度神经网络的输出，并对其进行均值评估。
它还给出了REPS_SCATTER，即重复的平均标准偏差除以信号的标准偏差。
如果只有一个复制，那么这个值总是0。
ps：现在网站好像有点问题，无法直接在网页上可视化

另外：网站也提供了本地化R包，下载下来解压即可用，比网页好的一点是可以自定义检测周期，不像网站只有8,12,24三个周期可以选择，缺点是非图形化界面
使用方法：

Rscript BioCycle.R  -i <input_file> 
                    -o <output_dir> 
                    -s <start of range of periods to search for, default: 20> 
                    -e <end of range of periods to search for, default: 28>

输入文件和前面一样，示例：
Rscript BioCycle.R -i 1.tsv -o .

结果也和前面差不多，不再赘述
ps：Rscript使用前需先将其所在目录添加到PATH环境变量中，在此不再赘述

2.cosinor.online

使用超级简单，网站说的很明白，用来评估单个基因非常好使，示例和使用说明见下图：

示例结果如下：

3.Cosinor_Analysis_of_Rhythms

该网站有些毛病，时不时会断开连接，但有时点的过快也会断开，真是神奇，毕竟是个人搭建的，现在可能已经不维护了
然后它可以对单个基因进行统计，也可以对单个基因不同分组做统计
使用方面，网站也说的很清楚了

结果有好几个部分：

第一部分：两个检验（一个是cosinor2::cosinor.poptests()的返回结果，一个是常规的t检验，该t检验没有检测方差齐性，默认为非齐性）

第一个表p列：两组基线，振幅，相位差异的p值
1st列：组别1的基线，振幅，相位均值
2nd列：组别2的基线，振幅，相位均值
第二个表：常规t检验结果，不再描述

第二部分：绘图部分及每组振荡性检测

上为图，下为统计数据，只要看一个就好，图中画图部分
吐槽：要我说，这部分应该放到前面，比较两组振荡曲线是否有差异，应该先测试每组是否振荡

第三部分：更详细的统计数据

第一个表为拟合的三条曲线值对应值，
猜测其实际上是对每个样本列都做了一次，因此每组产生了产生了三个值，但私以为没有现实上的统计意义
第二个表为三个样本列值合并起来后拟合所产生的置信区间表（有实际意义，提取自cosinor2::population.cosinor.lm()$conf.ints）
第三个图不太清楚

总结：

1.希望检测区间比较宽泛的，建议使用Metacycle和Biocycle R包（一个在cran上，一个在circadiomics上），但这两个都不能做组间差异检测，可以用来评估单组多基因，不喜欢R包的就使用网页版的BIO_CYCLE PORTAL

2.希望做cosinor分析，尤其是单组单基因的，建议使用cosinor.online和Cosinor_Analysis_of_Rhythms，毕竟是网页版的，点点就好，不喜欢网页的话也可以使用season::cosinor（我评估过，和cosinor.online结果几乎一模一样）

3.希望做cosinor分析，但着重于单基因两组间比较的，建议使用Cosinor_Analysis_of_Rhythms，统计资料非常齐全，但其实结果和cosinor2包的结果差不多，不喜欢网页的话就用cosinor2包

4.希望做cosinor分析，但着重于多基因两组间比较的，没有网页版的使用建议，建议使用cosinor和cosinor2包，然后自行提取和整理数据

ps：暂时就写这么多，回头想起什么再补，有问题敬请各位批评指正！