在Linux系统中使用Rscript运行R脚本

之前R都是在Windows运行比较多，Rstudio基本满足数据分析和绘图需求。但是这次通过R进行WGCNA，基因数目比较多Windows带不动，所以转战Linux。学校的大型机是不允许login直接跑计算的，而bsub如何提交R作业？

方法一：R CMD BATCH

格式：R CMD BATCH [options] [infile] [outfile]

• [options] ：
  --help 查看帮助信息
  --version 查看R版本
  --slave 只打印R脚本的输出，而不显示脚本具体执行情况
  --no-timing 去除输出文档结束的运行时间输出
  默认--restore -- save --no-readline
• [infile] ：输入R脚本文件
• [outfile]：如果没有命名，会照搬infile名字+ .Rout

在linux下，因为BATCH指令的权限问题，将会导致非root权限无法调用此条指令。这时使用方法三Rscript file代替即可。

方法二：R

格式：R [options] [< infile] [> outfile]

• [options] ：
  --help 查看帮助信息
  --version 查看R版本
  --slave 只打印R脚本的输出，而不显示脚本具体执行情况
  --vanilla是 --no-save, --no-restore, --no-site-file, --no-init-file and --no-environ的合体
  --args，这个就是传递给.R文件的参数，在脚本中调用这个参数需要用到commandArgs()这个函数。
  注意：options必须选择--save，--no-save, --vanilla三个中的一个。

示例：

# R脚本 test.R
args <- commandArgs(TRUE) 
paste(c("I", "like", args[1], "and", args[2], "!"), collapse = " ")

运行：

$ R --slave --vanilla --args tea coffee<test.R >testR.Rout
#tea和coffee是传递的参数

查看输出结果：

$ cat testR.Rout
WARNING: ignoring environment value of R_HOME
[1] "I like tea and coffee !"

方法三：Rscript

格式：Rscript [--options] [-e expr] file [args] [> outfile]

• [-- options] ：
  默认--slave --no-restore
  其他选项与方法二中类似
• [- e expr] ：可以通过expr输入R的表达式。这个我不是很理解，想明白了再来补充
• file ：输入脚本文件名
• [args] ：与方法二中一致
• [> outfile] ：输出文件名

示例：

# R脚本 Rscript.R
x<-sample(1:10,3)
print(x)
# 运行 （login运行）
$ Rscript Rscript.R >Rscript.out
# 运行 （bsub）
$ bsub -n 32 Rscript Rscript.R >Rscript.out
# 查看结果
$ cat Rscript.out
WARNING: ignoring environment value of R_HOME
[1] 5 3 7

参考资料：
https://www.cnblogs.com/xianghang123/archive/2013/01/08/2851480.html
http://www.360doc.com/content/11/1201/22/5013584_169013651.shtml