（1）创建并展示模拟数据实例 我们有两组各包含5个样本的30个基因表达数据（其中15个基因上调，15个基因下调）。以下是如何生成及显示这些数据： ```r set.seed(123) # 保证可复现结果 exp = matrix(rnorm(300), nrow = 30, ncol = 10) exp[1:15, 1:5] = exp[1:15, 1:5] + matrix(rnorm(75, mean = 4), nrow = 15, ncol = 5) exp[16:30, 6:10] = exp[16:30, 6:10] + matrix(rnorm(75, mean = 3), nrow = 15, ncol = 5) exp = round(exp, 2) # 四舍五入到小数点后两位 colnames(exp) = paste("样本", 1:10, sep = "") # 改为中文列名 rownames(exp) = paste("基因", 1:30, sep = "")
最编程
2024-02-10 13:38:30
...
如上图默认会分别对行、列计算两两间的距离，再进行聚类
1.1 聚类算法
- 对于两两间距离计算参数：
clustering_distance_rows=，clustering_distance_cols=。默认为"euclidean"，备选方法有"correlation" - 聚类方法的参数：
clustering_method=。默认为"average"，备选方法有"ward.D", "ward.D2", "single", "complete", "mcquitty" (= WPGMA), "median" (= WPGMC) or "centroid" (= UPGMC)
1.2 不聚类
pheatmap(exp, cluster_row = FALSE)
1.3 聚类但不想显示树
pheatmap(exp, treeheight_row = 0)
其实
treeheight_row参数是用来调整树的显示尺寸的；设置为0，也就是不显示树了。
1.4 提取热图的表达矩阵
由于聚类会调整原始数据的行列顺序，如果想要获得热图里的行列顺序数据，可如下调整
ph = pheatmap(exp)
ph$tree_row$order
ph$tree_col$order
ph_exp = exp[ph$tree_row$order, ph$tree_col$order]
ph_exp[1:4,1:4]
# Sample3 Sample2 Sample4 Sample1
# Gene2 3.51 5.58 5.45 4.05
# Gene12 6.12 5.19 4.04 3.73
# Gene3 5.25 6.53 4.08 5.39
# Gene10 5.36 4.47 4.42 4.54