GEO（基因表达总库）：高通量基因表达数据库

Gene Expression Omnibus（GEO）是一个公共存储库，可以存档和*分发由科学界提交的全套微阵列，新一代测序和其他形式的高通量功能基因组数据。 除数据存储外，还提供一系列基于Web的界面和应用程序，以帮助用户查询和下载存储在GEO中的研究和基因表达模式。

GEO的数据储存方式

GEO数据库具体存放四类数据：GSE、GDS、GSM、和GPL。

一个GSE号（GSExxx）对应的是整个研究项目的系列的数据，可能涉及不同平台；

一个GDS号（GDSxxx）对应的一个同一平台的数据集， 这些包括从微阵列和高通量序列技术生成的数据，例如：

• • 通过微阵列或新一代测序进行基因表达谱分析（参见示例）通过微阵列或新一代测序进行的非编码RNA分析（参见示例）
  • 通过微阵列或下一代测序进行染色质免疫沉淀（ChIP）分析（参见示例）
  • 通过微阵列或新一代测序进行基因组甲基化分析（参见示例）
  • 高通量RT-PCR（参见示例）
  • 通过数组进行基因组变异分析（arrayCGH）（参见示例）
  • SNP阵列（参见示例）（参见人类主题常见问题解答）
  • 基因表达系列分析（SAGE）（参见示例）
  • 蛋白质阵列（参见示例）

一个GSM号（GSMxxx）对应单一样品的数据信息，它只能是单一平台的数据，往往，GSE 和GDS中会包含多个GSM数据；

一个GPL号（GPLxxx）则对应一个平台的信息，一般不接触的。

另外，GEO Profiles数据库是GEO工作人员根据用户提交的数据整理后的数据，倾向于某个基因在不同数据集中的表单情况。

GEO的数据检索与下载

GEO数据库支持关键字检索和布尔逻辑，和使用pubmed非常相似，一般我们都是在GEO DataSets数据库中检索。例如检索乳腺癌，如下所示：

1. 搜索乳腺癌“BreastCancer”，即可获得所有乳腺癌的芯片数据。

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