分析 LAMMPS 文件_LAMMPS 初始模型构建
最编程
2024-07-12 16:31:22
...
这 周学习了LAMMPS分子动力学模拟中初始模型的构建,主要有两种建模方法,一种是利用LAMMPS内置的命令建模,另外也可以通过外部程序建模,今天主要介绍如何通过外部程序进行建模。
01
—
模型参数
模拟采用2M浓度的NaCl水溶液作为电解质,刚性的SPC/E水分子模型,碳纳米管采取了Parm99力场,模拟在室温298K下进行,体系大小为 8nm×8nm×8nm,碳纳米管的长度为6nm,碳纳米管的半径分别为 0.40nm、0.54nm、0.67nm、0.81nm。
02
—
模型构建
首先,对这个模型进行分析,它是由两部分组成,一是不同直径的碳纳米管,另一部分是氯化钠水溶液。先通过Materials studio软件分别建立单个的纳米管,钠离子,氯离子,水分子模型,然后输出为.pdb格式,再通过文献中给出的浓度计算出所需要的各类原子数目,就可以用packmol进行模型搭建。
(1)建立不同直径的纳米管: