DNA甲基化、miRNA、mRNA联合分析

DNA甲基化、miRNA、mRNA联合分析

简介
DNA甲基化是一个生物过程，是一种重要的表观遗传修饰。DNA甲基化是在DNA分子中引入甲基化基团，但是甲基化并不会改变基因的序列，而是改变DNA片段的活性，从而抑制某些基因的表达。在哺乳动物中，DNA甲基化对于正常发育必不可少，而且与很多生物学现象有密切联系，包括基因组印迹，X染色体失活，转座因子招募，衰老和致癌作用。胞嘧啶甲基化是在真核生物和原核生物普遍存在的，而且甲基化的速率在物种之间有很大的差异。

通过整合DNA甲基化数据、miRNA数据以及转录组数据，可以更加系统的研究它们之间的调控机制，如系统性双层次联合研究 miRNA 调控基因表达以及 DNA 甲基化调控基因表达的分子机制。采用算法预测 miRNA靶基因，同时与 miRNA 表达谱、 mRNA 表达谱、 DNA 甲基化表达谱结合找到关键的 miRNA 及其对应的靶标基因以及两者对应启动子区域的甲基化水平。通过三者调控关系，构建关系网络，从系统生物学层面探讨 miRNA以及DNA甲基化参与各种复杂调控事件的机制。因此，通过DNA甲基化、miRNA、mRNA联合分析对疾病的发生发展的研究有重要意义。

一般分析流程

分析内容
数据质量控制。
甲基化统计分析。
甲基化关联基因GO功能富集分析。
甲基化关联基因KEGG代谢通路富集分析。
差异甲基化与差异miRNA关联分析。
差异甲基化与差异基因的关联分析。
相关GO功能注释与代谢通路富集分析。