加速3D DNA建模软件系列之一：根据新cprops属性编辑FASTA文件

说明：通过后续的分析发现，只需要保证输入的fasta是多行形式，而不是单行形式，那么原来的流程的分析 速度并不会受到影响。可以使用 seqkit seq -w 80 input.fasta > output.fasta 的方式来调整输入fasta的格式。

【修改于2022-11-11：这篇文章仅用来记录当年的一些操作，目前不再需要我自己写个脚本来加速，所以项目就被我删了，请注意看上面的说明】

在3d-dna流程中，凡是涉及到edit-fasta-according-to-new-cprops.awk的流程速度都会非常的慢，为了提高它的运行速度，我根据它的代码逻辑用Python进行实现。

首先，我找到了所有用到edit-fasta-according-to-new-cprops.awk的脚本

• run-asm-pipeline-post-review.sh

• run-asm-pipeline.sh

• finalize/remove-N-overhangs-from-asm.sh

然后根据edit-fasta-according-to-new-cprops.awk的代码逻辑，我编写了一个edit-fasta-according-to-new-cprops.py, 实现了相同的功能。经过测试，我的代码输出结果和原来的awk脚本完全一样。

最后，我将所有涉及edit-fasta-according-to-new-cprops.awk的脚本全部修改为我的代码。

项目地址： https://github.com/xuzhougeng/3d-dna