全新DNA损伤地图（DDA）：首个全面的DNA修复测序数据仓库

DNA损伤在细胞正常生命代谢活动中时有发生，发生损伤后如不能及时修复或修复时发生错误，极易形成体细胞突变和结构变异，引起肿瘤等重大疾病。为研究 DNA 损伤修复过程，研究人员开发了多项用于直接或间接检测 DNA 损伤和修复过程的高通量测序技术。然而，随着各种测序技术所产生数据的快速累积，如何将其进行整合供研究者使用成为一个亟需解决的问题。近日，中国科学院分子细胞科学卓越创新中心（生物化学与细胞生物学研究所）吴薇课题组和广州国家实验室袁姣课题组合作开发了首个整合DNA损伤修复测序数据的数据库：DNA Damage Atlas (DDA)。

DDA收录了共来自262个数据集的6030个样本数据，涵盖了针对不同DNA损伤类型的59种测序技术。基于对数据进行质控、回贴等标准化处理，DDA进一步对DNA损伤修复热点（hotspots）进行鉴定，并对其特征展开一系列下游分析。高度重复序列端粒和核糖体DNA（ribosomal DNA, rDNA）是DNA损伤的热点，但在之前的研究中，往往因其分析困难而在测序数据分析中被忽视。因此，DDA专门构建了新的分析流程对端粒和rDNA区域的损伤修复信号进行挖掘。

此外，DDA为用户提供了交互友好的界面(http://www.bioinformaticspa.com/DDA/)，包括浏览、搜索、genome browser可视化、下载、样品间比较等功能模块。

总而言之，DDA作为一个大规模、高质量的 DNA 损伤修复数据库，为DNA损伤修复分子机制的研究提供了一个强大的资源平台，同时，有助于理解疾病中突变发生机理和挖掘治疗靶点。

参考文献

Yu Liang*, Qingqing Yuan*, Qijie Zheng, Zilv Mei, Yawei Song, Huan Yan,Jiajie Yang, Shuheng Wu, Jiao Yuan#, Wei Wu#. DNA Damage Atlas: an atlas of DNA damage and repair. Nucleic Acids Research. https://doi.org/10.1093/nar/gkad845