在MacOS上安装并使用TEXshade（2020年7月15日版）
最编程
2024-08-04 07:37:51
...
注意，这里是tex不是text!
写在前面：
TEXshade是一个比对着色修饰的宏包，这个包是用TEX/LATEX（ LaTeX 作者 Lamport 的前两个字母）写的，重点都是TEX，故而需要预先安装LATEX 编译系统和LATEX 文本编辑器来配合使用，在MacOS里，推荐的LATEX 编译系统是MacTeX, 推荐的LATEX 文本编辑器是TEXMAKER
- 关于
LATEX的基础知识可以参考ucasthesis宏包 国科大学位论文 LaTeX 模板ucasthesis宏包如同ctex，是LATEX命令集
- Uninstalling MacTeX
- The Most Frequently Asked Questions on MacTex FAQ
- texshade – Package for setting nucleotide and peptide alignments
-
CTEX 是一个关于TEX 的中文网站，CTEX 是中文(Chinese)TEX 的缩写；CTeX 套装是指一个 CTeX 社区发布的、基于发型版 MikTeX 重新打包的、包含商业付费编辑器 WinEdt 的、仅支持 Windows 系统的 TeX 发行版
以下引用的基础概念问题解答摘自 CTEX : CTeXFAQ
- 什么是TEX？
电子排版系统的出现给印刷出版业带来了一场革命，利用电子计算机及各种辅助设备，可以完成从文
稿、图表的录入、编辑、修改、组版，直至得到各种不同用途、不同质量的输出结果。利用电子排版系统，可
以减轻劳动强度，缩短出版周期。目前世界上有许多电子排版系统。这些系统各有特点，也各有自己的适用
范围。TEX 就是一种优秀的电子排版系统。
TEX 提供了一套功能强大并且十分灵活的排版语言，它多达900 多条指令，并且TEX 有宏功能，用户可
以不断地定义自己适用的新命令来扩展TEX 系统的功能。许多人利用TEX 提供的宏定义功能对TEX 进行了
二次开发，其中比较著名的有美国数学学会推荐的非常适合于数学家使用的AMS-TEX 以及适合于一般文
章、报告、书籍的LATEX 系统。
TEX 系统是公认的数学公式排得最好的系统。美国数学学会(AMS) 鼓励数学家们使用TEX 系统向它的
期刊投稿。世界上许多一流的出版社如Kluwer、Addison-Wesley、牛津大学出版社等也利用TEX 系统出版
书籍和期刊。
大部分的TEX 系统都是免费的。Knuth 教授还公开了他的全部源程序。TEX 系统目前已经在数百种计
算机系统上得到实现。TEX 系统的排版结果DVI (DeVice Independent) 文件与输出设备无关。DVI 文件可
以显示、打印、照排，几乎可以在所有的输出设备上输出。TEX 排版源文件及结果在各种计算机系统上互相
兼容。- LATEX 是什么？
Leslie Lamport 开发的LATEX 是当今世界上最流行和使用最为广泛的TEX 宏集。它构筑在Plain TEX 的
基础之上，并加进了很多的功能以使得使用者可以更为方便的利用TEX 的强大功能。使用LATEX 基本上不需
要使用者自己设计命令和宏等，因为LATEX 已经替你做好了。因此，即使使用者并不是很了解TEX，也可以
在短短的时间内生成高质量的文档。对于生成复杂的数学公式，LATEX 表现的更为出色。
LATEX 自从八十年代初问世以来，也在不断的发展。最初的正式版本为2.09，在经过几年的发展之后，许
多新的功能，机制被引入到LATEX 中。在享受这些新功能带来的便利的同时，它所伴随的副作用也开始显现，
这就是不兼容性。标准的LATEX 2.09，引入了“新字体选择框架”(NFSS) 的LATEX，SLiTEX，AMS-LATEX 等
等，相互之间并不兼容。这给使用者和维护者都带来很大的麻烦。为结束这中糟糕的状况，Frank Mittelbach
等人成立了LATEX3 项目小组，目标是建立一个最优的，有效的，统一的，标准的命令集合。即得到LATEX 的
一个新版本3。这是一个长期目标，向这个目标迈出第一步就是在1994 年发布的LATEX2"。LATEX2" 采用了
NFSS 作为标准，加入了很多新的功能，同时还兼容旧的LATEX 2.09。LATEX2" 每6 个月更新一次，修正发现
的错误并加入一些新的功能。在LATEX3 最终完成之前，LATEX2" 将是标准的LATEX 版本。- TEX 和LATEX 是什么关系？
LATEX 是TEX 中的一种格式(format) ，是建立在TEX 基础上的宏语言，也就是说，每一个LATEX 命令实
际上最后都会被转换解释成几个甚至上百个TEX 命令。但是，普通用户可以无需知道这中间的复杂联系。就
象编程的时候如果使用一些已经编译好的函数库和模板可以使我们仅仅用几个命令就实现很多功能一样，
LATEX 根据人们排版文章的习惯，定义了许多命令和模板，通过这些命令和模板，我们可以很快的得到漂亮
的排版结果- MiKTEX、fpTEX、teTEX、CTEX 又是什么关系？
TEX 在不同的硬件和操作系统上有不同的实现版本。这就像C 语言，在不同的操作系统中有不同的编译
系统，例如Linux 下的gcc，Windows 下的Visual C++ 等。有时，一种操作系统里也会有好几种的TEX 系
统。目前常见的Unix/Linux 下的TEX 系统是teTEX，Windows 下则有MiKTEX 和fpTEX。CTEX 指的是
CTEX 中文套装的简称，是把MiKTEX 和一些常用的相关工具，如GSview，WinEdt 等包装在一起制作的一
个简易安装程序，并对其中的中文支持部分进行了配置，使得安装后马上就可以使用中文。- 什么是CTAN ？
CTAN 是英文Comprehensive TEX Archive Network 的首字母缩写，直译成中文就是综合TEX 文件网
络，它包含有三个主服务器和几十个镜像服务器，以FTP 和WWW方式向所有的TEX 用户提供文件服务。
CTAN 可以说几乎收罗了世界上所有的TEX 相关软件、文档，并保证不断更新。你可以访问
http://www.ctan.org
以下是重点：
下载好了TEXshade包以及安装了MacTeX、TEXMAKER之后，需要编译TEXshade
user@LaBelleVie:/Applications/TEX/texshade$ tex texshade.ins
This is TeX, Version 3.14159265 (TeX Live 2020) (preloaded format=tex)
(./texshade.ins (/usr/local/texlive/2020/texmf-dist/tex/latex/base/docstrip.tex
Utility: `docstrip' 2.5g <2018/05/03>
English documentation <2018/05/03>
**********************************************************
* This program converts documented macro-files into fast *
* loadable files by stripping off (nearly) all comments! *
**********************************************************
********************************************************
* No Configuration file found, using default settings. *
********************************************************
(./texshade.ins
Generating file(s) texshade.sty
Processing file texshade.dtx (texshade) -> texshade.sty
File texshade.dtx ended by \endinput.
Lines processed: 24046
Comments removed: 6460
Comments passed: 83
Codelines passed: 17477
Generating file(s) texshade.def AQPDNA.MSF AQPpro.MSF AQP2spec.ALN AQP1.top AQP
1.phd AQP_HMM.sgl AQP_HMM.ext AQP_TC.asc standard.cod ciliate.cod
Processing file texshade.dtx (definitions) -> texshade.def
(AQPDNA) -> AQPDNA.MSF
(AQPpro) -> AQPpro.MSF
(AQP2spec) -> AQP2spec.ALN
(AQP1topo) -> AQP1.top
(AQP1PHD) -> AQP1.phd
(AQPHMMsgl) -> AQP_HMM.sgl
(AQPHMMext) -> AQP_HMM.ext
(TCoffee) -> AQP_TC.asc
(Standard) -> standard.cod
(Ciliate) -> ciliate.cod
File texshade.dtx ended by \endinput.
Lines processed: 24046
Comments removed: 6460
Comments passed: 83
Codelines passed: 17477
**************************************************************
*
* !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
* !!! Have you used a docstrip version 2.4 or later?
* !!!
* !!! IF NOT GO AND GET A RECENT VERSION!
* !!!
* !!! The documentation will not run through TeX with
* !!! your files extracted by an old docstrip version!
* !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
*
* To finish the installation you have to move the following
* files into a directory searched by LaTeX:
*
* texshade.sty
* texshade.def
* standard.cod
* ciliate.cod
*
* To produce the documentation run the following file twice
* through LaTeX:
*
* texshade.dtx
*
* Make sure that the following files are present in the same
* directory as texshade.dtx (needed for texing the doc):
*
* AQPDNA.MSF
* AQPpro.MSF
* APQ2spec.ALN
* AQP1.top
* APQ1.phd
*
* Happy TeXing!
*
**************************************************************
)
Overall statistics:
Files processed: 2
Lines processed: 48092
Comments removed: 12920
Comments passed: 166
Codelines passed: 34954
) )
No pages of output.
Transcript written on texshade.log.
user@LaBelleVie:/Applications/TEX/texshade$ ll
total 5184
-rw-r--r-- 1 staff 92K 15 Jul 15:10 AQP1.phd
-rw-r--r-- 1 staff 582B 15 Jul 15:10 AQP1.top
-rw-r--r-- 1 staff 638B 15 Jul 15:10 AQP2spec.ALN
-rw-r--r-- 1 staff 7.5K 15 Jul 15:10 AQPDNA.MSF
-rw-r--r-- 1 staff 5.0K 15 Jul 15:10 AQP_HMM.ext
-rw-r--r-- 1 staff 471B 15 Jul 15:10 AQP_HMM.sgl
-rw-r--r-- 1 staff 3.1K 15 Jul 15:10 AQP_TC.asc
-rw-r--r-- 1 staff 2.8K 15 Jul 15:10 AQPpro.MSF
-rw-rw-r--@ 1 staff 6.2K 17 Jan 2018 README
-rw-r--r-- 1 staff 1.3K 15 Jul 15:10 ciliate.cod
-rw-r--r-- 1 staff 1.6K 15 Jul 15:10 standard.cod
-rw-r--r-- 1 staff 12K 15 Jul 15:10 texshade.def
-rw-rw-r--@ 1 staff 1000 17 Jan 2018 texshade.dtx
-rw-rw-r--@ 1 staff 2.3K 13 May 2011 texshade.ins
-rw-r--r-- 1 staff 3.5K 15 Jul 15:10 texshade.log
-rw-rw-r--@ 1 staff 611K 17 Jan 2018 texshade.pdf
-rw-r--r-- 1 staff 614K 15 Jul 15:10 texshade.sty
-rw-r--r-- 1 staff 8B 14 Jul 18:03 tsfaq.aux
-rw-r--r-- 1 staff 3.5K 14 Jul 18:03 tsfaq.log
-rw-rw-r--@ 1 staff 92K 14 Jul 18:03 tsfaq.pdf
-rw-r--r-- 1 staff 36K 14 Jul 18:03 tsfaq.synctex.gz
-rw-rw-r--@ 1 staff 14K 14 Jul 18:03 tsfaq.tex
记住是用tex编译
配置好*.tex文件后直接用TEXMAKER打开，然后调整细节就可以输出pdf的结果，这里会调用texshade的哦，注意比对的文件一定要放在一个文件夹
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如果想要更炫的效果，可以多阅读texshade.pdf实现更多功能
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