最新版！教你如何安装和使用mafft和muscle（2021年5月25日更新）

安装时间：2021.2.4

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1. 简介

    多序列比对在生物信息分析中是常用到的操作，目前多序列比对的软件较多，没有一款十分完美的多序列比对工具。有文献报道：

• 在比对速度上（Muscle>MAFFT>ClustalW>T-Coffee）
• 在比对准确度上（MAFFT>Muscle>T-Coffee>ClustalW）

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2. 多序列比对的目的

• 寻找同源序列
• 构建系统发育树
• 设计引物
• 寻找保守的结构域

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输入文件的格式要求：
    ① 序列为fasta格式文件
    ② 序列的名称要唯一，不能有空格，且重要信息尽量放在前面
    ③ 序列名称不要出现中文、@、\等特殊字符

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3.mafft

3.1 安装

conda install mafft

2.2 使用

情况一：序列小于200条，长度<2000aa/nt（最准确）

mafft --maxiterate 1000 --localpair input > output

情况二：序列小于200条，长度<2000aa/nt，序列长度相似

mafft --maxiterate 1000 --globalpair input > output

情况三：不清楚序列情况

mafft --auto input > output

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4. muscle

4.1 安装

conda install muscle

4.2 使用

muscle -in file1 -out file2

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5. 多序列比对编辑工具

5.1 SeaView

1. 下载：wget http://doua.prabi.fr/software/seaview
2. 解压缩后进入目录
3. ./configure
4. make
5. make install

5.2 Jalview

1. 下载

conda install jalview

5.3 trimAI

1. 下载：https://github.com/scapella/trimal
2. 解压缩后编译安装
3. 常用于处理多序列比对文件

#移除列中间隙占比90%以上的列, 除非移除后剩余序列的长度小于60%
trimal -in <inputfile> -out <outputfile> -gt 0.9 -cons 60
#自动选择最佳的阈值来删除列
trimal -in <inputfile> -out <outputfile> -strictplus