用R语言ggplot2快速绘制简易热图：先做相关系数分析，得到相关系数值

R语言里做相关性分析需要准备的数据格式如下：每行是一个样本，每列是一个变量，存储到excel中，然后另存为csv格式数据

需要示例数据的可以直接在文末留言

首先是读入数据

df<-read.csv("example_data/cor_plot_example.csv",
             header=T,
             row.names = 1)
df

相关性分析

直接用cor()函数获得相关系数矩阵

cordf<-cor(df)
cordf

相关系数矩阵是宽格式的数据，ggplot2作图通常是长格式数据，把宽格式变成长格式直接使用reshape2包中的melt()函数就可以了

plotdf<-reshape2::melt(cordf)
plotdf

接下来就是用ggplot2画图了

最基本的热图

library(ggplot2)
ggplot(plotdf,aes(x=Var1,y=Var2))+
  geom_tile(aes(fill=value))

更改配色

ggplot(plotdf,aes(x=Var1,y=Var2))+
  geom_tile(aes(fill=value))+
  scale_fill_gradient2(low="green",mid="white",high = "red")

将相关系数的数值作为文字标签

ggplot(plotdf,aes(x=Var1,y=Var2))+
  geom_tile(aes(fill=value))+
  scale_fill_gradient2(low="green",mid="white",high = "red")+
  geom_text(aes(label=value))

相关系数的小数位数太多，我们只保留两位

plotdf$value<-round(plotdf$value,2)
ggplot(plotdf,aes(x=Var1,y=Var2))+
  geom_tile(aes(fill=value))+
  scale_fill_gradient2(low="green",mid="white",high = "red")+
  geom_text(aes(label=value))

这样最基本的热图就做好了，接下来是简单的美化

包括去掉灰色背景，去掉坐标轴的标题和小短线

ggplot(plotdf,aes(x=Var1,y=Var2))+
  geom_tile(aes(fill=value))+
  scale_fill_gradient2(low="green",mid="white",high = "red")+
  geom_text(aes(label=value))+
  theme(panel.background = element_blank(),
        axis.title = element_blank(),
        axis.ticks = element_blank())

欢迎大家关注我的公众号

小明的数据分析笔记本