快速查找 NCBI 数据的批量查询工具

前言

  今天想跟大家分享的是关于大名鼎鼎的综合性网站——NCBI。之前分享过一篇如何下载sra数据《NCBI下载SRA数据的4种方法》的帖子有需要的朋友可以去看看。所以今天我们来分享一点不一样的东西。大家肯定用过NCBI搜索过资料如查询基因信息等，这个功能不用教大家都会用，那我想说的是如何批量搜索呢？也就是说如何一次性查询很多个基因的信息呢？
  有了需求我们才会去寻找解决的方法，这不NCBI还真的提供了可以批量查询的接口——《batchentrez》。那么下面来说说如何批量查询。

• 点击上面的《batchentrez》就会进入到批量查询的界面，可以通过Database菜单选着查询的数据库，File菜单上传本地文件(里面存放基因的id，entrez、ensembl 等ID都可以)，最后是Retrieve查询按钮。

1. 准备输入文件
   将需要查询的基因ID放入到一个文本文件里面，一行一个基因，格式如下：

2.上传文件
点击“选择文件”按钮会出现一个对话框如下图，找到准备好的查询文件并点击上传：

等文件上传好并选择需要检索的数据库后直接点击“Retrieve”按钮，然后会出现一个确认界面，点击确认就开始查询了，然后等到查询结束时会见到类似如下图所示的结果界面：

如果你想把查询结果保存到文件中，可以先选中需要的基因然后点击右上方的“Sent to”处的向下箭头并选择选择"File"(Format可以选择Tabular(text)，个人觉得这个格式方便查看)，最后点击“Create File”，浏览器就会自动将结果下载到文件里面(文件名为gene_result.txt)。查询结果类似如下：

最后

  批量查询方便倒是挺方便的，不过就是有时候不知道什么原因导致查询不到结果，大家可以试试这个功能好不好用。emm，今天就分享到这里。