理解Motif分析：深入浅出讲解PFM、PPM与PWM的基础概念

  Dof2，具有锌指结构的转录因子家族DOF的成员，许多DOF转录因子基因在维管组织中表达，有一些在拟南芥维管发育的早期特异表达，并参与调控维管发育。Dof2 的 Sequence Logo 如下图所示(图片来自JASPAR)，这是我们在文章中或motif分析中经常是使用的图，用来表征序列的一致性和多样性。字母越大，代表在该位置出现该核苷酸或者氨基酸的概率越大，常用Bits或者百分比表示。

想要画出这样的图不是很难，这里先了解几个概念，为分析数据打下基础：

• PFM：Position Frequency Matrix
• PPM：Position Probability Matrix
• PWM：Position-specific Weight Matrix(PSWM) or Position-specific Scoring Matrix(PSSM)

（我就不翻译了……）