使用Python实现SCHISM工具的克隆进化树构建指南

SCHISM介绍

SCHISM是一种计算工具，旨在推断亚克隆层次结构和肿瘤从体细胞突变的演变。推理过程涉及肿瘤进化的两个基本属性的计算评估：谱系优先规则和谱系分歧规则

SCHISM软件安装

https://github.com/KarchinLab/SCHISM/wiki/Installation

这个链接给的安装方法还是比较全的，但是我点进去一看是很长的英文就头大，大概意思是可用docker 安装，里面的包比较全，但要先安装Docker-Toolbox，也可以直接下载的安装包，下载安装包也分两种情况，

从github下载安装包： https://github.com/Niknafs/SCHISM/releases

python setup.py sdist

pip install dist/SCHISM-1.1.0.tar.gz

非github下载安装包： http://karchinlab.org/apps/appSchism.html

pip install SCHISM-1.1.0.tar.gz

安装前要先安装依赖包：

numpy >= 1.7.1            conda install numpy=1.11.3

scipy >= 0.12.0             已安装

matplotlib >= 1.2.0        已安装

pyYAML >= 3.11           已安装

python-igraph>=0.7.0   conda install -c conda-forge python-igraph

sklearn >=