理解基因功能聚集分析的重要性与价值
最编程
2024-02-20 09:39:01
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功能富集泡泡图
功能富集分析用来展示某一组基因(一般是单个样品上调或下调的基因)倾向参与哪些功能调控通路,对从整体理解变化了的基因的功能和潜在的调控意义具有指导作用,也是文章发表中一个有意义的美图。通常会用柱状图、泡泡图和热图进行展示。热图的画法之前已经介绍过,这次介绍下富集分析泡泡图,
其展示的信息是最为全面的,也是比较抓人眼球的。
做基因功能富集分析、KEGG富集分析、GSEA分析首选clusterProfiler,Y叔的良心之作,数据集更新及时,结果准确,自带语义分析合并相似条目、出图漂亮。
但有时出来的结果还需要进行一些筛选处理然后重新绘图,本文就介绍下如何根据clusterProfiler的输出结果绘制富集分析图。本文虽主推clusterProfiler, 但绘图方法适用于所有富集分析的输出结果。
一步绘制富集分析图
假设有这么一个富集分析结果矩阵 (文件名为GOen...... 查看更多
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