linux：转ped 和 map 文件中遇到的错误（错误：无效染色体代码/错误：读取 BIM 文件时出现问题）

1、目的，把.bed .bim 和 .fam转换成 .ped 和.map (转换后原文件仍是保留的哦)

2、第一次操作：（参考：一文掌握Plink文件格式转换 - 知乎 (zhihu.com)）这里介绍了很多哦~

.bed .bim 和 .fam文件名：input_file.bed     input_file.bim     input_file.fam

plink版本：1.07

命令：plink安装路径/plink --bfile ./input_file --recode --out output_file --noweb

(-noweb：Skippingweb check;  --recode 转换文件格式)

遇到的报错：ERROR: Problem reading BIM file, line 1

尝试过的解决方法：①检查bim文件格式 ②用vim看bim文件首行是否有多余的空格等 ——都没有问题...

3、第二次操作

.bed .bim 和 .fam文件名：input_file.bed     input_file.bim     input_file.fam

plink版本：2

命令：plink安装路径/plink --bfile ./input_file --recode --out output_file --noweb

遇到的报错：Error: Invalid chromosome code 'chr1A' on line 1 of .bim file. (Use --allow-extra-chr to force it to be accepted.)

4、第三次操作

其余不变

命令：plink安装路径/plink --bfile ./input_file --recode --out output_file --noweb --allow-extra-chr

成功。

这里的.bed .bim 和 .fam文件，不知道为什么会有额外的chr！....懵逼，虽然我用的是现成的这三个文件，但是网上看这三个文件应该也是由别的文件一起转化来的？那怎么会某个文件有额外的chr呢？有大神也解释一下么？

另外plink2的报错比plink1.07的好了太多，还提供了解决方法，在想到用plink2之前，我在网上搜了好久，都没找到解决方法，哎.......

另外看到有的网页上说的是把.bed 转换成 .ped 和.map（命令一样），于是在遇到上述报错的时候，我也尝试把--bfile ./input_file改成 --bfile ./input_file.bed ，然后报错说没有.bim 和.fam文件。所以我这样魔改是不对的哦~