用于 STRING 分析的蛋白质相互作用网络 (PPI) R 语言可视化
最编程
2024-04-15 15:51:22
...
使用STRING构建蛋白互作网络（PPI）
STRING 链接 https://string-db.org/
数据集我使用R语言包clusterProfiler中经常用作示例的基因列表
获取gene symbol的代码
library(clusterProfiler)
help(package="clusterProfiler")
library(DOSE)
data(geneList)
geneList
genelist<-names(geneList)[1:30]
gene.df<-bitr(genelist,fromType = "ENTREZID",
toType = "SYMBOL",OrgDb = "org.Hs.eg.db")
gene.df
write.table(gene.df$SYMBOL,file="../../PPI_pra_example_gene_symbol.txt",
row.names = F,quote = F,col.names = F)
将gene symbol上传到 STRING网站 得到结果
image.png
但是现在我想编辑这个图像，所以我就可以下载文件
image.png
通常可以把这个文件导入到Cytoscape软件里进行可视化，但是我昨天试了一下，没有找到批量分组添加颜色的办法，比如这个30个基因是我转录组差异分析得到的结果，其中10个上调表达基因，20个下调表达基因。我想给上调基因添加红色，下调基因添加蓝色。我不知道Cytoscape是否可以实现，反正我现在还不知道怎么实现。
下面记录自己用R语言的ggraph包的实现过程
准备数据
- 基因列表文件
PPI_pra_example_gene_symbol.txt - PPI分析结果文件
string_interactions.tsv
初步结果
library(ggraph)
help(package="ggraph")
library(igraph)
nodes<-read.csv("../../PPI_pra_example_gene_symbol.txt",header=F)
links<-read.table("../../string_interactions.tsv",header=F,sep="t")
nodes
links
net<-graph_from_data_frame(d=links,vertices=nodes,directed = T)
plot(net)
ggraph(net,layout = "linear",circular=T)+
geom_edge_link(color="blue")+
geom_node_point(size=10,color="red",alpha=0.5)+
theme_void()
image.png
image.png
ggraph(net,layout = "kk")+
geom_edge_link(color="blue")+
geom_node_point(size=10,color="red",alpha=0.5)+
theme_void()
几个layout比较下来还是layout="kk"好看一点。
接下来试着添加基因名字并按照上调和下调添加颜色
library(ggraph)
help(package="ggraph")
library(igraph)
nodes<-read.csv("../../PPI_pra_example_gene_symbol.txt",header=F)
links<-read.table("../../string_interactions.tsv",header=F,sep="t")
nodes
links
nodes$Name<-nodes$V1
nodes$Group<-c(rep("Up",10),rep("Down",20))
net<-graph_from_data_frame(d=links,vertices=nodes,directed = T)
ggraph(net,layout = "kk")+
geom_edge_link()+
geom_node_point(size=10,aes(color=Group))+
geom_node_text(aes(label=Name))+
theme_void()
image.png
以上用到的数据大家可以自己准备，或者在我的公众号留言就可以了。