改进的Texshade多序列比对展示效果

一、软件的下载：

1）中文的 LaTeX - CTEX：

http://www.ctex.org/CTeXDownload

2）LaTeX 的*.tex 的编辑工具-Texmarker

http://www.xm1math.net/texmaker/texmakerwin32_install.exe

3）TEXshade宏包

http://raindy.ys168.com/

二、软件的安装：

1） 直接双击运行下载的CTEX，安装过程中，可以不安装Ghostscript、GSview和WinEdt三个组件

2）双击安装Texmaker，直接下一步下一步安装，直至出现下面窗口后，点击“Close”完成

3）将 texshade.zip 压缩包解出来，最好放在非系统盘下，如本例路径为 D:TEXshade，注意检查该目录下是否有 texshade.ins 文件。

4） 在 Windows的 “开始”-运行中输入“cmd”，调出Windows 的命令行窗口，将当前路径转到 TEXshade所在的目录下（ D:TEXshade），如下图所示，此时输入“Latex texshade.ins”，回车，如果出现下图的信息，说明编译通过（路径中不应存在中文）。

D:
cd D:\texshade\texshade
Latex texshade.ins

5）重复输入“Latex texshade.ins”再次编译，texshade.ins 编译2-3次后退出Windows命令行窗口，返回到TEXshade目录，此时比先前多了一些文件，这些是都编译生成的，如：AQPDNA.MSF 是比对的示例文件。

三、软件应用

以上安装步骤在网站上都能找到，但是如何使用texshade软件出图，网上并没有报道，以下是个人经验：

打开Texmaker文件，配置不需要更改，首先创建.tex文件，然后保存，输入以下代码，记住一定要保存之后，在运行，才可以运行。脚本必须放在和texshade.sty一样的文件中

示例如下：

\documentclass[15pt,a4paper]{report}
\usepackage{texshade}
\begin{document}
  \begin{texshade}{D:/texshade/texshade/AQPpro.MSF}
  \shadingmode[standard area]{functional}
    \setends{1}{138..170}
    \showlegend
    \shadeallresidues
  \end{texshade}
\end{document}
\bibliographystyle{IEEEtran}##加入以下两句话可以出图，不然提示没引用
\bibliography{IEEEabrv,REFS}

结果如下：

其余用法举例如下：

\tintblock{1}{138..145,150..170}#虚化

\feature{top}{1}{138..145,150..170}{helix}{membr.}

 \showsequencelogo{top}#展示logo

更多展示方式请参考：texshade.pdf

注意：结果pdf文件不可以用AI和PS转换，但是可以使用迅捷PDF等PDF相关软件转换成TIFF和png格式

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