R语言中利用pacman安装和加载包
最编程
2024-02-25 08:16:19
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R语言之强大,就在于它可以安装加载不同的包(package)。很多前沿的科研工作者会把他们最新的工具写成包上传到github或者CRAN上,这样所有R的用户都可以下载使用。
pacman是一个管理R包的工具,加载之后,采用p_load函数对包进行安装和加载。
例如:
install.packages("pacman")
library(pacman)
p_load(ggplot2, EBImage, jpeg, ggpubr, plotly)
一般情况下,包需要先用install.packages来安装,然后用library来加载到R的环境中。上面我们对pacman包就是这样处理的。有了pacman之后,我们再要安装加载其他的包,就可以直接用p_load函数,我们注意到install.package里面的包名称需要用双引号括起来,在p_load中就不需要,省了很多事情。p_load会判断环境中是否有这个包,如果没有,先安装再加载;如果有,那么直接加载。p_load就是把install.package和library集成在一起的方便工具。
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(1)创建并展示模拟数据实例 我们有两组各包含5个样本的30个基因表达数据(其中15个基因上调,15个基因下调)。以下是如何生成及显示这些数据: ```r set.seed(123) # 保证可复现结果 exp = matrix(rnorm(300), nrow = 30, ncol = 10) exp[1:15, 1:5] = exp[1:15, 1:5] + matrix(rnorm(75, mean = 4), nrow = 15, ncol = 5) exp[16:30, 6:10] = exp[16:30, 6:10] + matrix(rnorm(75, mean = 3), nrow = 15, ncol = 5) exp = round(exp, 2) # 四舍五入到小数点后两位 colnames(exp) = paste("样本", 1:10, sep = "") # 改为中文列名 rownames(exp) = paste("基因", 1:30, sep = "") # 改为中文行名 head(exp) ``` (2)在R中安装和加载pheatmap包 首先确保已安装pheatmap包,如果没有,请运行: ```r if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("pheatmap") # 安装pheatmap包 library(pheatmap) # 加载pheatmap包 packageVersion("pheatmap") # 检查版本号 ``` (3)基本的热力图绘制 使用上述示例数据 `exp`,我们可以直接调用 `pheatmap()` 函数进行基本的热力图绘制: ```r pheatmap(exp, cluster_rows = TRUE, cluster_cols = TRUE) # 对行和列进行聚类 ```